El pueblo de Hubenov probablemente fue fundado por la colonización alemana. Según los registros de archivo, el antiguo pueblo ya se llamaba Hladov en 1366 (el nombre Steindorf en los documentos latinos) y los habitantes originales se dedicaban al pastoreo. Más tarde, los patios de pastoreo de Hladov (Starý Hubenov) y Hubenov (Nový Hubenov) pasaron a ser propiedad del monasterio de Želiva.
Durante las guerras husitas, la propiedad del monasterio de Želiv pasó a la familia Trček de Lípa. Krištof Jaroslav Trčka de Lípy luego vendió el pueblo de Hladov y la corte de Hubenov a Albrecht de Ratibořice, quien luego vendió esta propiedad a la ciudad de Jihlava en 1599. El pueblo fue propiedad de los ciudadanos de Jihlava hasta 1848.
Hasta la década de 1960, el pueblo tenía 36 números descriptivos, 10 granjas fueron completamente reconstruidas o construidas nuevamente a mediados de la década de 1960, y la construcción en Nový Hubenov se desarrolló de manera similar en la década de 1970. En la actualidad, el pueblo tiene 61 números descriptivos y 141 residentes permanentes.
En 1953, se estableció un cuerpo de bomberos en el pueblo. En mayo de 1957, durante una gran tormenta, un rayo prendió fuego al granero No. 17 y posteriormente a la casa de la familia del Sr. Friedl y los edificios agrícolas en la granja vecina del Sr. Krupička. El fuego destruyó completamente los objetos mencionados a pesar de la pronta intervención de los bomberos. Gracias a la ayuda de los vecinos y a su propio esfuerzo, el propietario reconstruyó la casa en pocos días.
En 1971, se renovaron los espacios públicos en ambas partes del pueblo. Las áreas limpiadas y mantenidas se plantaron con árboles y arbustos ornamentales y, por lo tanto, mejoraron significativamente el medio ambiente en el pueblo.
La oficina municipal se encuentra en Hubenov 8, distrito de Jihlava.