Wieś Hubenov została założona prawdopodobnie przez kolonizację niemiecką. Według źródeł archiwalnych stara wieś już w 1366 roku nazywała się Hladov (w dokumentach łacińskich nazwa Steindorf), a pierwotni mieszkańcy zajmowali się pasterstwem. Później pastwiska Hladov (Starý Hubenov) i Hubenov (Nový Hubenov) stały się własnością klasztoru w Želivie.
W czasie wojen husyckich majątek klasztoru Želiv przeszedł w ręce rodziny Trčków z Lipy. Krištof Jaroslav Trčka z Lípy sprzedał następnie wieś Hladov i dwór Hubenov Albrechtowi z Ratibořic, który następnie sprzedał tę posiadłość miastu Jihlava w 1599 roku. Wieś była własnością mieszkańców Jihlavy do 1848 roku.
Do lat 60. wieś miała 36 numerów opisowych, w połowie lat 60. całkowicie przebudowano lub wybudowano 10 zagród, w latach 70. podobnie rozwinęła się budowa w Novym Hubenovie. Obecnie wieś liczy 61 numerów opisowych i 141 stałych mieszkańców.
W 1953 r. we wsi utworzono straż pożarną. W maju 1957 r. podczas wielkiej burzy piorun podpalił stodołę nr 17, a następnie dom rodzinny i zabudowania gospodarcze pana Friedla w sąsiedniej zagrodzie pana Krupički. Pożar doszczętnie zniszczył wymienione obiekty pomimo szybkiej interwencji strażaków. Dzięki pomocy sąsiadów i własnym staraniom właściciel w ciągu kilku dni odbudował dom.
W 1971 r. odnowiono przestrzenie publiczne w obu częściach wsi. Oczyszczone i utrzymane tereny zostały obsadzone drzewami i krzewami ozdobnymi, co znacznie poprawiło stan środowiska we wsi.
Urząd gminy znajduje się pod adresem Hubenov 8, powiat Jihlava.