Das Dorf Hubenov wurde wahrscheinlich durch die deutsche Kolonisation gegründet. Laut Archivalien hieß das alte Dorf bereits 1366 Hladov (der Name Steindorf in lateinischen Dokumenten) und die Ureinwohner waren in der Viehzucht tätig. Später wurden die Weiden von Hladov (Starý Hubenov) und Hubenov (Nový Hubenov) Eigentum des Klosters in Želiva.
Während der Hussitenkriege ging der Besitz des Klosters Želiv an die Familie Trček aus Lípa über. Krištof Jaroslav Trčka von Lípy verkaufte daraufhin das Dorf Hladov und den Hof Hubenov an Albrecht von Ratibořice, der diesen Besitz 1599 an die Stadt Jihlava verkaufte. Das Dorf war bis 1848 im Besitz der Bürger von Jihlava.
Bis in die 1960er Jahre hatte das Dorf 36 Ortsnummern, 10 Gehöfte wurden Mitte der 1960er Jahre komplett um- oder neu gebaut und in den 1970er Jahren entwickelte sich die Bebauung in Nový Hubenov ähnlich. Derzeit hat das Dorf 61 beschreibende Nummern und 141 ständige Einwohner.
1953 wurde im Dorf eine Feuerwehr eingerichtet. Im Mai 1957, während eines großen Sturms, zündeten Blitze die Scheune Nr. 17 und anschließend das Familienhaus und die Wirtschaftsgebäude von Herrn Friedl im benachbarten Gehöft von Herrn Krupička. Das Feuer zerstörte die genannten Objekte trotz des prompten Eingreifens der Feuerwehr vollständig. Dank der Hilfe der Nachbarn und eigener Bemühungen hat der Eigentümer das Haus innerhalb weniger Tage wieder aufgebaut.
1971 wurden die öffentlichen Plätze in beiden Ortsteilen renoviert. Die gereinigten und gepflegten Flächen wurden mit Zierbäumen und -sträuchern bepflanzt und so die Umwelt im Dorf deutlich verbessert.
Das Gemeindeamt befindet sich in Hubenov 8, Bezirk Jihlava.