Il villaggio di Hubenov fu probabilmente fondato dalla colonizzazione tedesca. Secondo i documenti d'archivio, l'antico villaggio si chiamava già Hladov nel 1366 (il nome Steindorf nei documenti latini) e gli abitanti originari erano dediti alla pastorizia. Successivamente, i pascoli di Hladov (Starý Hubenov) e Hubenov (Nový Hubenov) divennero proprietà del monastero di Želiva.
Durante le guerre hussite, la proprietà del monastero di Želiv passò alla famiglia Trček di Lípa. Krištof Jaroslav Trčka di Lípy vendette poi il villaggio di Hladov e la corte di Hubenov ad Albrecht di Ratibořice, che poi vendette questa proprietà alla città di Jihlava nel 1599. Il villaggio fu di proprietà dei cittadini di Jihlava fino al 1848.
Fino agli anni '60, il villaggio aveva 36 numeri descrittivi, 10 fattorie furono completamente ricostruite o costruite di recente a metà degli anni '60 e la costruzione a Nový Hubenov si sviluppò in modo simile negli anni '70. Attualmente, il villaggio ha 61 numeri descrittivi e 141 residenti permanenti.
Nel 1953 furono istituiti nel villaggio i vigili del fuoco. Nel maggio 1957, durante una grande tempesta, un fulmine incendiò il fienile n. 17 e successivamente la casa della famiglia del sig. Friedl e i fabbricati agricoli nella vicina fattoria del sig. Krupička. L'incendio ha completamente distrutto gli oggetti citati nonostante il pronto intervento dei vigili del fuoco. Grazie all'aiuto dei vicini e ai propri sforzi, il proprietario ha ricostruito la casa in pochi giorni.
Nel 1971 furono rinnovati gli spazi pubblici in entrambe le parti del villaggio. Le aree pulite e mantenute sono state piantumate con alberi e arbusti ornamentali e quindi hanno migliorato significativamente l'ambiente nel villaggio.
L'ufficio comunale si trova a Hubenov 8, distretto di Jihlava.