La primera mención escrita de Bratrušov se remonta a 1371 y es un testamento del margrave moravo Jan Jindřich (hermano de Carlos IV), quien legó varios pueblos a su hijo Prokop, incluido Bratrušov.
El nombre checo y el nombre alemán Brattersdorf se derivan del nombre personal checo Bratruš y por lo tanto significan "pueblo de Bratruš". Esta interpretación muestra que el pueblo probablemente fue fundado por los eslavos probablemente antes de la gran colonización, que se llevó a cabo en las tierras checas por colonos alemanes, especialmente durante los siglos XIII y XIV. Bratrušov, con su forma alargada a lo largo de la carretera, la división de la tierra en campos que se extendían detrás de las viviendas, es un pueblo típico de la colonización alemana.
En 1603, la Iglesia de Todos los Santos del Renacimiento tardío se construyó para servir servicios no católicos, pero en 1784 se estableció allí una parroquia católica. En ese momento, la escolarización probablemente comenzaba en hogares privados, y alrededor de 1800 se construyó un edificio escolar. En 1834, el pueblo estaba creciendo y ya había 140 números descriptivos y 809 habitantes. Bratrušov era un pueblo de montaña en las estribaciones, la única instalación de producción en ese momento era un molino de agua, y sus habitantes a menudo encontraban empleo en las empresas industriales de la cercana Šumperk. La población de Bratrušov fue constante desde mediados del siglo XIX hasta la Segunda Guerra Mundial y culminó en 1900, cuando 1.016 habitantes vivían en 149 casas, todas ellas declaradas de nacionalidad alemana, con dos excepciones. La minoría checa se formó gradualmente aquí solo después de 1918 y en 1930 había 88 checos de 980 habitantes. Por tanto, no es de extrañar que el Partido Alemán de los Sudetes de Henlein ganara las elecciones de 1935 y en Bratrušov. Entre 1945 y 1948, la población alemana estaba esperando ser desalojada y el pueblo se instaló nuevamente. En 1960, el asentamiento de Osikov se anexó a Bratrušov, pero ambos municipios se anexaron a Šumperk de 1980 a 1990. El cambio no se produjo hasta 1990, cuando Bratrušov volvió a ser un municipio independiente.