Prevádzka vodných tokov zahŕňa starostlivosť o vodné toky, povodňovú ochranu, kontrolu kvality vody, vodné hospodárstvo, ochranu povrchových vôd, kontrolu kvality vody, opravy vodohospodárskych zariadení a úkony pre bezproblémovú prevádzku vodných tokov.