Prvá písomná zmienka o Bratrušov pochádza z roku 1371 a jedná sa o závet moravského markgrófa Jana Henricha (brata Karla IV.), Ktorý odkázal svojmu synovi Prokopovi niekoľko dedín, medzi nimi aj Bratrušov.
České pomenovanie aj nemecký názov Brattersdorf sú odvodené od českého osobného mena Bratruš a znamená teda "Bratrušov ves". Tento výklad ukazuje, že dedinu zrejme založili Slovania zrejme ešte pred veľkou kolonizáciou, ktorú v českých krajinách vykonávali nemeckí osídlenci najmä v priebehu 13. a 14. storočia. Bratrušov je svojím pretiahnutým tvarom pozdĺž komunikácie, rozdelením pôdy na lány, ktoré sa ťahali za príbytky, avšak typickú nemeckú kolonizačnej dedinou.
V roku 1603 bol postavený neskoro renesančný kostol Všetkých Svätých, ktorý mal slúžiť nekatolíckym bohoslužbám, ale v roku 1784 pri ňom bola zriadená katolícka fara. Vtedy zrejme začalo v súkromných domoch školské vyučovanie a okolo roku 1800 bola postavená školská budova. Do roku 1834 obec vzrastala a bolo tu už 140 popisných čísel a 809 obyvateľov. Bratrušov bol podhorskú poľnohospodárskou obcou, jediným výrobným zariadením bol vtedy vodný mlyn, a jej obyvatelia často nachádzali uplatnenie v priemyselných podnikoch blízkeho Šumperka. Počet obyvateľov Bratrušov bol od polovice 19. storočia do druhej svetovej vojny konštantný a kulminoval v roku 1900, kedy tu žilo vo 149 domoch 1016 obyvateľov, z ktorých sa až na dve výnimky všetci hlásili k nemeckej národnosti. Česká menšina sa tu postupne vytvorila až po roku 1918 a v roku 1930 bolo z 980 obyvateľov 88 Čechov. Nemožno sa preto čudovať, že vo voľbách v roku 1935 aj v Bratrušov zvíťazila Henleinova Sudetonemecká strana. V rokoch 1945 až 1948 čakalo na nemecké obyvateľstvo vysťahovanie a obec bola nanovo osídlená. V roku 1960 bola k Bratrušov pripojená osada Osikov, obe obce však boli v rokoch 1980 až 1990 pripojené k Šumperku. Zmena nastala až v roku 1990 kedy sa Bratrušov stal opäť samostatnou obcou.