Štátny zdravotný ústav je príspevkovou organizáciou ministerstva zdravotníctva. Podľa zákona sa zriaďuje k príprave podkladov pre národnú zdravotnú politiku, na ochranu a podporu zdravia, na zabezpečenie metodickej a referenčné činnosti na úseku ochrany verejného zdravia, k monitorovaniu a výskumu vzťahov životných podmienok a zdravia, k medzinárodnej spolupráci, na kontrolu kvality poskytovaných služieb k ochrane verejného zdravia, k postgraduálne výchove v lekárskych odboroch ochrany a podpory zdravia a pre zdravotnú výchovu obyvateľstva. Štatutárnym orgánom ústavu je riaditeľ, ktorého vymenúva a odvoláva na návrh hlavného hygienika Slovenskej republiky minister zdravotníctva. Sídlo Štátneho zdravotného ústavu sa nachádza na adrese Šrobánova 49/48, Praha 10.
Odborná centrá:
- Centrum zdravia a životného prostredia
- Centrum zdravia, výživy a potravín
- Centrum hygieny práce a pracovného lekárstva
- Centrum podpory verejného zdravia
- Centrum epidemiológie a mikrobiológie
- Centrum toxikológia a zdravotnej bezpečnosti
- Národný antibiotický program
- Oddelenie bioštatistiky
- Stredisko vedeckých informácií.
Národné referenčné pracoviská, centrá, laboratóriá.
Medzilaboratórnej porovnávanie:
- expertná skupina pre skúšky spôsobilosti je spoločné pracovisko akreditované ČIA, ktoré zaisťuje organizovanie programov skúšok spôsobilosti laboratórií (PZZ) v oblastiach:
- analýz vôd a odberov pitných vôd a vôd na kúpanie
- analýz vonkajšieho, vnútorného a pracovného ovzdušia
- genetickej toxikológie
- lekárskej mikrobiológie.