Ústav fyziky atmosféry (ÚFA) AV SR bol založený 1. januára 1964. Výskumná aktivita v súčasnosti pokrýva celú atmosféru Zeme - od prízemnej vrstvy až po medziplanetárny priestor. V Akadémii vied SR sa ÚFA radí k priemerne veľkým ústavom - zamestnáva vyše 80 pracovníkov, z ktorých väčšina má vysokoškolské vzdelanie. Ústav sa člení na štyri vedecké oddelenia a jednu výskumnú skupinu. Sídli v Prahe 4 na Spořilove.
Oddelenie meteorológie študuje metódy, ktoré môžu spresniť lokálnu predpoveď meteorologických javov (napr. zrážok či búrok), a to spracovaním výstupov z modelov numerickej predpovede počasia. Ďalej sa venuje matematickému modelovaniu prúdenia v medznej vrstve atmosféry (čo je časť atmosféry najbližšie k zemskému povrchu) a šíreniu škodlivých prímesí v atmosfére. Dôležité je aj štúdium vplyvu oblačnosti a zrážok na útlm elektromagnetických vĺn v atmosfére a interpretácia meraní meteorologickými radarmi. V posledných rokoch sa venuje pozornosť aj výskumu príčin extrémnych zrážok na našom území. Súčasťou oddelenia sú observatória Milešovka a Kopisty. Milešovka (837 m nm) je najdlhšie fungujúcou horskou meteorologickou stanicou v ČR - klimatologické pozorovania sa tam vykonávajú prakticky bez prerušenia od roku 1905. Dlhý rad pozorovaní je cenným zdrojom informácií pre štúdium zmien klímy. V posledných rokoch sa na Milešovciach meria aj UV-B žiarenie a vykonávajú sa odbery vody z hmly. Kopisty pri Moste (240 m nm) ležia v podkrušnohorskej uhoľnej panvici; na 80 m vysokom stožiari sa tam automaticky meria vertikálne profily vetra, teploty a vlhkosti.
Oddelenie klimatológie a aeronómie sa podieľa na výskume dvoch hlavných globálnych problémov v atmosfére Zeme, ktorými sú dlhodobé zmeny klímy a narušenie ozónovej vrstvy. Oddelenie sa konkrétne zaoberá analýzou pozorovaných zmien a premenlivosti klímy a odhadom zmien, ktoré môžu nastať v blízkej budúcnosti v dôsledku zosilňovania skleníkového efektu; ďalej potom prehlbovaním poznatkov o ozonosfére a štúdiom možností predpovedať zmeny celkového ozónu v atmosfére. Pracovníci oddelenia skúmajú aj vplyvy slnečnej a geomagnetickej aktivity na atmosféru a ionosféru a pôsobenie dejov v neutrálnej atmosfére na ionosféru. Súčasťou oddelenia je ionosférické observatórium v Průhoniciach.