Mikrobiologický ústav AV ČR, v. V. I. Je v súčasnosti najväčšou pracovisko v Českej republike, ktoré komplexne študuje vlastnosti mikroorganizmov (baktérií, kvasiniek, húb a rias) a cicavčích bunkových línií z hľadiska základného výskumu aj z hľadiska ich praktickej využiteľnosti v priemysle či medicíne. Hlavnými smermi výskumu ústavu sú bunková a molekulárnej mikrobiológie, genetika a fyziológia mikroorganizmov a ich rezistencia voči antibiotikám, produkcia mikrobiálnych metabolitov a ich biotransformácia a šľachtenia produkčných kmeňov. Časť ústavu sa venuje významu mikroorganizmov vo fylogeneticky a ontogeneticky vývoji imunity a pri vzniku autoimunitných chorôb a v neposlednom rade imunoterapiu nádorových ochorení. Nachádzame sa na adrese Vídeňská 1083, Praha.
Laboratórium, laboratóriá, výskum:
- molekulárnej biológie bakteriálnych patogénov
- bunkovej signalizácie
- modulácia génovej expresie
- post-transkripčný kontroly génovej expresie
- mikrobiálne genetiky a génovej expresie
- reprodukcie bunky
- regulácia génovej expresie
- bioinformatiky
- štruktúrne biológie a bunkovej signalizácie
- charakterizácia molekulárnej štruktúry
- biológia sekundárneho metabolizmu
- biotransformáciou
- genetiky a metabolizmu húb
- environmentálne mikrobiológia
- nádorové imunológie
- imunoterapia ................... a ďalšie.
Servisné strediská:
- Biotechnologická hala
- Stredisko sekvenace DNA
- Stredisko cytometrie a Mikroskopia.
Ústav má štyri mimopražské pracovisko, a to v Nových Hradoch Centrum nanobiotechnológie a štruktúrny biológie, v Třeboni Centrum ALGATECH, vo Vestci Centrum BIOCEV (http://www.biocev.eu/) a v Novom Hrádku Laboratórium
gnotobiologie.