Obec Hubenov vznikla pravdepodobne nemeckou kolonizáciou. Stará dedina podľa archívnych záznamov mala už v roku 1366 názov Hladov (v latinských listinách názov Steindorf) a pôvodní obyvatelia sa zaoberali pastierstvom. V neskoršej dobe sa pastierske dvorce Hladov (Starý Hubenov) a Hubenov (Nový Hubenov) dostali do majetníctva kláštora v Želive.
Počas husitských vojen prešiel majetok želivského kláštora na rod Trčkov z Lípy. Krištof Jaroslav Trčka z Lípy potom predal dedinu Hladov a dvorec Hubenovi Albrechtovi z Ratiboric, ktorý potom v roku 1599 predal tento majetok mestu Jihlava. Vo vlastníctve jihlavských mešťanov bola obec do roku 1848.
Do šesťdesiatych rokov minulého storočia mala obec 36 popisných čísel, od polovice 60 rokov bolo úplne prestavaných alebo novo vybudovaných 10 usadlostí, v sedemdesiatych rokoch sa obdobne rozvíjala výstavba na Novom Hubenove. V súčasnej dobe má obec 61 popisných čísel a 141 trvalo žijúcich obyvateľov.
V roku 1953 bol v obci založený hasičský zbor. V máji 1957 pri veľkej búrke zapálil blesk stodolu čp. 17 a následne rodinný domček pána Friedla a hospodárskej budovy v susednej usadlosti pána Krupičky. Požiar spomínané objekty úplne zničil aj napriek pohotovému zásahu hasičov. Vďaka prispeniu susedov aj vlastným pričinením potom majiteľ v priebehu niekoľkých dní domček znovu vystaval.
V roku 1971 boli upravené verejné priestory v oboch častiach obce. Vyčistené a upravené priestranstvá boli vysadené okrasnými stromami a kríkmi a výrazne sa tak zlepšilo životné prostredie v obci.
Všeobecný úrad nájdete na adrese Hubenov 8, okres Jihlava.