CÚ pre JmK vykonáva správu ciel, spotrebných a energetických daní. Vykonáva kontrolné činnosti v cestnej doprave, v oblasti ochrany práv duševného vlastníctva, zamestnávania cudzincov atď. Vymáha a vyberá poplatky a pokuty uložené inými správnymi orgánmi.
Pracovisko v Brne - Koliště 17 - sídlo - podateľňa + agenda kontrol
- Řipská 9 - podateľňa + pokladňa + agenda colná, daňová, právna, správa príjmov a vymáhanie
Územné pracoviská CÚ pre JmK - vykonávajú iba vybrané agendy - Colné a daňové (Brno-Slatina, Blansko, Hodonín), colné - Lanžhot D2, daňové - Breclav, Vyškov, Znojmo.