Ústav pre štúdium totalitných režimov skúma dve neslobodné obdobia našich novodobých dejín: dobu nacistickej okupácie 1939-45 a dobu komunistickej nadvlády 1948-1989, samozrejme s presahujúcimi rokmi. Zameriavame sa na protidemokratickú činnosť bezpečnostných zložiek štátu, ale tiež analyzujeme okolnosti, za ktorých môže z demokratických podmienok vyrásť autoritatívny režim. Vychádzame z predpokladu, že s lepším poznaním princípov, na ktorých bolo postavené ovládanie spoločnosti v minulosti, budeme schopní lepšie sa brániť súčasným i budúcim hrozbám obmedzovania ľudských práv.
ÚSTR má veľmi bohatú vydavateľskú činnosť a na rozdiel od ostatných vedeckých inštitúcií sa intenzívne venuje aj popularizácii a vzdelávaniu. Spolupracujeme s mnohými českými a zahraničnými školami a veľkou mierou prispievame k modernizácii výučby dejepisu.
Partnerskou organizáciou ÚSTR, združenou v tej istej rozpočtovej kapitole, je Archív bezpečnostných zložiek (ABS). Ten spravuje všetky písomnosti všetkých bezpečnostných zložiek z doby nacizmu i komunizmu, teda nielen Štátnej bezpečnosti, ale aj Verejnej bezpečnosti, civilnej a vojenskej rozviedky a podobne. Tie sú v súlade s archívnym zákonom každému prístupné.
Vedenie ÚSTR sídli v Dome Radosť, nám. Winstona Churchilla 1800/2, 130 00 Praha 3.